PCR-based Genotyping等实验,常需纯化样本基因组。当待测样本较多时,纯化基因组的过程费时、操作重复,并且实验成本高。
直扩PCR直接从样本开始,以未经基因组纯化的微量原始样本或其裂解产物作为模板,进行PCR-based Genotyping。与常规PCR-based Genotyping相比,直扩样本用量少,操作简单,实验成本低,可高通量化样本检测。
图. Direct PCR技术
A. 直接法:取少量样本直接加入到PCR Master Mix中,进行PCR鉴定。
B. 裂解法:样本取样后,加入裂解液中,裂解释放基因组,取少量裂解上清液加入到PCR Master Mix中,进行PCR鉴定。
技术优势
♦ 直接:无需进行费时而昂贵的DNA纯化
♦ 快速:10min完成模板制备,最少50min完成PCR反应
♦ 简便:样品无需剪碎或研磨即可完成裂解;PCR Mix为预混液形式,减少加样步骤
♦ 节省:材料用量少
♦ 高通量:可在96孔板中完成裂解反应
直扩PCR试剂盒类型
产品参数 |
小鼠组织直扩试剂盒 |
血液直扩试剂盒 |
植物组织直扩试剂盒 |
适用生物 |
小鼠、大鼠 |
广泛生物 |
水稻、玉米、烟草、油菜、小麦、大豆等 |
适用组织/材料类型 |
鼠尾、鼠耳、脚趾(带肌肉)和其他脏器 |
含常规抗凝剂的新鲜血液、冷藏(冻)血液及Whatman903®和FTA®商用干血渍 |
嫩叶、老叶、幼苗、嫩茎 |
样品使用量 |
组织:5-10mg,鼠尾:1-5mm |
最佳全血模板体积浓度范围为0.5%-20%,推荐使用量为10%作为初始尝试条件。对于贮存在Whatman®滤纸卡上的干血渍,则可取约1 mm2带血渍的圆纸片 |
叶片:1-10mm,种子:1-3mm |
基因组释放时间 |
15min |
无需 |
0-10min |
PCR产物最适长度 |
<1kb |
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PCR产物是否加A |
是,但裂解反应体系加A效率不定 |
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20µL体系,裂解产物使用量 |
0.2-2µL |
无需裂解 |
0.2-1µL |
应用 |
转基因鉴定、基因分型等 |
实验过程
本系列产品运用独特的蛋白酶裂解体系,裂解样品,裂解液可直接作为模板,搭配试剂盒中的PCR Master Mix进行基因扩增。
图. 小鼠组织直扩PCR实验过程
图. 植物组织直扩PCR实验过程
产品性能
1、基因敲除小鼠基因型鉴定
图. 小鼠直扩PCR试剂盒检测基因敲除直扩结果
M:100bp DNA ladder。1-8:以裂解产物为模板。+:以50ng纯化基因组DNA为模板。﹣:以去离子水为模板。循环数:35个循环。
单条带(580bp):敲除动物纯合子基因组。单条带(180bp):野生型基因组。两条带(580bp/180bp):敲除动物杂合子基因组。
2、小鼠基因释放更快速、更充分
图. 小鼠组织直扩PCR试剂盒不同裂解时间直扩结果
M:100bp DNA ladder。+:以50 ng纯化基因组DNA为模板。循环数:35个循环。
图. 鼠尾经不同裂解方式处理后的直扩结果。
检测基因:SOX21。M:100 bp DNA ladder。1-2:以常规碱裂解方式处理裂解产物为模板。
3-4:以小鼠组织直扩PCR试剂盒裂解产物为模板。+:以50 ng纯化基因组DNA为模板。﹣:以去离子水为模板。循环数:35个循环。
3、小鼠直扩表现优于竞品
图. 鼠尾经不同品牌同类产品裂解处理后的直扩结果
检测基因:SOX21。M :100 bp DNA ladder。+ :以50 ng纯化基因组DNA为模板。循环数:35个循环。
4、多类型植物样本验证表现优异
图. 不同类型植物叶片直扩结果
M:100 bp DNA ladder。C:相应植物纯化基因组DNA为模板。1-2:叶片组织裂解产物为模板。循环数:30个循环。
5、多类型血液样本验证表现优异
图. 使用Positive control primer mix引物直接从不同物种、不同抗凝剂的全血及血卡中扩增237 bp的DNA片段。
血液模板浓度为10%,血卡模板为1 mm2大小。NTC为DEPC水作为模板,PC为提取纯化的人基因组DNA作为模板。1.人EDTA抗疑血(-20°C);2.小鼠EDTA抗凝血(新鲜);3.山羊EDTA抗凝血(-80℃);4.人血卡;5.人肝素抗疑血(-80°C);6.鸡肝素抗凝血(新鲜);7.猪柠檬酸钠抗疑血(4°C);8.NTC ;9.PC。
6、血液样本耐受性最高可达40%
图 含肝血抗凝血人血液直扩2kb、71%GC目的片段结果
血液模板浓度设置0.5-50%,延伸时间10 s/kb。
图 含EDTA抗凝血小鼠血液直扩2.2kb、67%GC目的片段结果
血液模板浓度设置0.5-50%,延伸时间10 s/kb。
客户反馈
1、北京客户:小鼠基因型鉴定效果优异
图. 使用Arcegen小鼠直扩PCR试剂盒进行小鼠基因型鉴定结果
2、武汉客户:水稻基因直扩效果优异
图. 使用Arcegen植物直扩PCR试剂盒扩增水稻相关基因
3、上海客户:血液直扩PCR在竞品中表现优异。
图 使用Arcegen血液直扩PCR直接从人全血扩增不同长度DNA片段
血样为-20℃储存的EDTA抗凝血,血液模板浓度为10%,延伸时间10 s/kb。
237 bp;2. 150 bp (30%GC);3. 120 bp (75%GC);4. 2.1 kb (30%GC);5. 2 kb (71%GC);6. 4 kb (68%GC);7. 5 kb (65% GC);8. 8 kb (48% GC)
产品订购
产品应用 |
产品名称 |
货号 |
规格 |
目录价 |
直扩PCR,支持5重扩增,高GC兼容 |
N132021E |
50 T |
300.00 |
|
N132021S |
200 T |
900.00 |
||
N132022E |
20 T |
200.00 |
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N132022S |
100 T |
700.00 |
||
N132023E |
50 T |
400.00 |
||
N132023S |
200 T |
1200.00 |
||
裂解液组分 |
N132028E |
50 T |
125.00 |
|
N132028S |
200 T |
300.00 |
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应用类型 |
产品名称 |
货号 |
规格 |
目录价 |
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810.00 |
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无需称量,一次一片,不用担心琼脂糖挂壁 |
N132103S |
1 BOX (200 TABLETS) |
1200.00 |
|
替代EB的无毒染料,适用蓝光及紫外光 |
N132109S |
500 μL |
580.00 |
|
|
N132116S |
100 T |
110.00 |
|
N132116M |
10×100 T |
990.00 |
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N132111S |
100 T |
110.00 |
||
N1321112M |
10×100 T |
990.00 |
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N132112S |
100 T |
110.00 |
||
N132112M |
10× 100 T |
990.00 |
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N132113S |
100 T |
110.00 |
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N132113M |
10×100 T |
990.00 |
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N132114S |
100 T |
110.00 |
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N132114M |
10×100 T |
990.00 |
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N132115S |
100 T |
110.00 |
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N132115M |
10×100 T |
990.00 |
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N132117S |
100 T |
110.00 |
||
N132117M |
10× 100 T |
990.00 |
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N132118S |
100 T |
110.00 |
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N132118M |
10× 100 T |
990.00 |
||
N132119S |
100 T |
110.00 |
||
N132119M |
10×100 T |
990.00 |
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N132120S |
1 mL |
110.00 |
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N132120M |
100x1 mL |
20900.00 |
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N132121S |
100 T |
110.00 |
||
N132121M |
10× 100 T |
990.00 |