实验材料
cDNA样本:通过上游反转录反应得到的cDNA。
荧光定量试剂:Cat#N132034,可示踪qPCR染料法预混液(No/Low/High Rox)
其他试剂:RNase-free H2O、相关基因上下游引物(储存浓度10 μM)。
设备与耗材:移液器、qPCR仪、冰盒、离心机、RNase-free八连排、RNase-free离心管。
实验步骤
1.试剂&样本前期准备
试剂解冻和混匀:
1)从冰箱中取出:
从-20℃冰箱中取出含酶试剂,立即放入冰盒中(冰上操作)。【注意】避免将试剂直接放在室温下解冻,以免温度波动影响酶的活性。
2)缓慢解冻:
让试剂在冰上自然解冻,通常需要5-10分钟。如果需要快速解冻,可以将试剂握在手中轻轻摇晃,但不要过度加热。
3)轻轻颠倒混匀:
解冻后,将试剂管轻轻上下颠倒几次,使试剂充分混匀。【注意】避免剧烈震荡或涡旋混匀,以免破坏酶的活性。
4)低速离心:
将试剂管短暂离心(5-10秒,1000 rpm左右),使管壁和管盖上的液体集中到管底。离心后再次轻轻混匀,确保试剂均匀分布。混匀后的试剂应继续放在冰上,避免长时间暴露在室温下。
【注意】混匀时尽量避免产生气泡,气泡可能会影响酶的活性或实验结果的准确性。
2.模板稀释(若需要)
稀释步骤:
1)若需追踪模板,按以下步骤稀释:取1 μL 10×Dilution Buffer + 9 μL无菌超纯水 → 配制1×Dilution Buffer。用1×Dilution Buffer稀释cDNA至目标浓度(建议稀释至Ct值20-30的范围内)。
2)若无需追踪模板,直接用无菌超纯水稀释cDNA或者直接使用cDNA原液。
3.荧光定量PCR反应体系配置
常见的荧光定量仪器为96孔反应,大体分为12列×8行。举例说明:
【注意】:
a. 相对定量分析基因表达情况时,为排除样本和操作的影响,对数据进行归一化,需要有内参基因,例如GAPDH、β-actin等等。
b. 技术重复通常建议设置3孔,为保证后续取平均值或剔除异常值。当然根据自己的需求进行调整,设置2孔重复或者4孔重复均可。
c. 依据MIQE准则,NTC(阴性对照)建议设置,一方面用于污染风险判断,另一方面其也是一套实时荧光定量 PCR (qPCR) 实验设计及数据报告实践指南以及与发文共享实验信息的标准。
1)荧光定量PCR大体系配制
组分 |
单孔量 |
大体系配制建议 |
可示踪qPCR染料法预混液 |
10 μL |
根据孔数n,选择n+1或者n+2总数(每孔18μL),配成一个大体系。 |
正向引物(10 μM) |
0.4 μL |
|
反向引物(10 μM) |
0.4 μL |
|
RNase-free H2O |
7.2 μL |
以上述投入2μL cDNA模板检测不同样本基因1为例:
基因1检测组分 |
单孔量 |
21孔位大体系配制建议(22孔量) |
|
可示踪qPCR染料法预混液 |
10 μL |
220 μL |
396 μL |
正向引物(10 μM) |
0.4 μL |
8.8 μL |
|
反向引物(10 μM) |
0.4 μL |
8.8 μL |
|
RNase-free H2O |
7.2 μL |
158.4 μL |
将上述溶液依次加好后,将管盖盖严,用手轻弹管壁,使各组分充分混匀,再放入小型离心机,短暂离心1-2s,再次轻弹管壁(防止有气泡),瞬间离心(防止部分溶液沾到管壁上)并置于冰/冰板上。
【注意】如使用显踪剂建议模板投入体积控制在2-5 μL,以保证显踪效果,如使用cDNA母液建议投入体积控制在2 μL(反应体系的1/10)以内防止影响扩增效果。
2)上样体系配置
按照上机仪器选取对应耗材(八联排或96孔板)。
在对应耗材中按照布板依次分装18μL/孔步骤1)配置的大体系Mix。
在每个孔中加入2 μL对应模板。
基因1检测组分 |
单孔量 |
步骤1)配置大体系Mix |
18 μL |
cDNA模板 |
2 μL |
4. 荧光定量PCR上机运行
上机前,仔细检查管子,确保正上方管盖、管身没有记号笔染料,管内无气泡、管壁无液体。
若采用常规程序,则进行以下设置:
循环步骤 |
温度 |
时间 |
循环数 |
预变性 |
95℃ |
2 min |
1 |
变性 |
95℃ |
10 sec |
40 |
退火/延伸 |
60℃(可根据引物TM值和目的基因的长度) |
30 sec |
|
熔解曲线阶段 |
仪器默认设置 |
1 |
【注意】不同荧光定量qPCR试剂核心的酶和Buffer组成都存在差异,对应说明书上的程序是该产品大多数情况下的最适反应条件,建议按照说明书的程序进行仪器设置,减少因用其他程序带来的数据偏差。熔解曲线程序可选用仪器默认程序。以ABI Q5常规程序为例,在进行程序设置时,确保在退火/延伸阶段和熔解曲线的升温阶段打开数据信号收集开关。
若采用快速程序,需确认仪器本身是否可以快速升降温,运行快速程序。以下以ABI Q5为例:
循环步骤 |
温度 |
时间 |
循环数 |
预变性 |
95℃ |
30 |
1 |
变性 |
95℃ |
3 sec |
40 |
退火/延伸 |
60℃(可根据引物TM值和目的基因的长度) |
10 sec |
|
熔解曲线阶段 |
仪器默认设置 |
1 |
5. 结果判定
观察熔解曲线峰是否单一。
初步判断复孔间Ct值差距是否<0.5,或者进一步计算复孔间CT值STD是否<0.2。
内参基因Ct值尽量在14-25之内,不要过小也不要过大。
6. 数据分析
【注意】不要随意对下机数据进行取舍,实际计算时不可忽略小数点后的所有数字。
7. 不同类型仪器配套荧光定量试剂指南
ROX类型 |
仪器品牌 |
仪器型号 |
No ROX |
Bio-Rad |
CFX96, CFX384, CFX Connect, iCycler iQ, iQ 5, MyiQ, MiniOpticon, Opticon, Opticon 2, Chromo4, C1000 Touch |
Roche |
LightCycler 480, LightCycler 2.0, Lightcycler 96 |
|
ABI/Thermo/Life |
PikoReal Cycler |
|
Qiagen Corbett |
Rotor-Gene Q, Rotor-Gene 3000, Rotor-Gene 6000 |
|
Takara |
Thermal Cycler Dice Real Time System TP700, TP800, TP850, TP900, TP950 |
|
Analytikjena |
qTower 2.0, qTower 2.2, qTower 3G |
|
翌圣生物 |
Celemetor实时荧光定量PCR分析系统 |
|
杭州博日 |
LineGene 9600, LineGene K plus |
|
宏石 |
SLAN 96P, SLAN 96S, SLAN 48P |
|
天隆 |
Gentier mini, Gentier 32R, Gentier 48E/48R, Gentier 96E/96R, Gentier 48S |
|
Low ROX |
ABI/Thermo/Life |
7500, 7500 Fast, ViiA 7, QuantStudio 1/3/5/6 Flex/7 Flex/12k Flex |
Stratagene |
MX3000P, MX3005P, MX4000 |
|
High ROX |
ABI/Thermo/Life |
5700, 7000, 7300, 7700, 7900, 7900HT,7900HT Fast, StepOne, StepOne Plus |
产品推荐
产品归类 |
产品名称 |
货号 |
规格 |
移液追踪,线性范围跨7个数量级,高性价比,优美曲线 |
2× Color qPCR Fluore Green Master Mix (No Rox) 可示踪qPCR染料法预混液(无ROX) |
N132034 |
50 T/250 T |
2× Color qPCR Fluore Green Master Mix (Low Rox) 可示踪qPCR染料法预混液(低ROX) |
N132035 |
50 T/250 T |
|
2× Color qPCR Fluore Green Master Mix (High Rox) 可示踪qPCR染料法预混液(高ROX) |
N132036 |
50 T/250 T |
|
无需调节ROX,全平台通用,快至46分钟完成定量,96复孔偏差Ct<0.2,优美曲线 |
2× Universal qPCR Fluore Green Master Mix (No ROX adjustment) 通用qPCR染料法预混液(无需调节ROX) |
N132031 |
100 T/500 T/1000 T |